Símbolo del esplendor barroco de Salamanca, la Iglesia del Espíritu Santo, conocida como la Clerecía, se construyó entre 1611 y 1755. Las obras comenzaron a instancias de la reina doña Margarita de Austria, con el nombre de Real Colegio de la Compañía de Jesús y los Jesuitas lo habitaron hasta 1767, en que Carlos III los expulsó de España. El objetivo de la reina era fundar un colegio donde se formaran apóstoles y misioneros para extender la fe católica y combatir la herejía en Europa. 

Fue levantada en una época de decadencia económica y social para la ciudad de Salamanca. En el momento de su construcción los jesuitas tenían una gran influencia en la ciudad, de ahí que muchas viviendas particulares e iglesias fueran demolidas para poder construir la actual Clerecía. De hecho, dice la leyenda que la Casa de las Conchas se salvó de milagro de desaparecer. La orden jesuita volvió a habitarlo en 1854. 

Los planos iniciales del edificio los realizó Juan Gómez de Mora, siguiendo el tipo de planta congregacional del Gesú de Roma, prototipo de las iglesias de la Compañía de Jesús. Su construcción se alargó hasta el siglo XVII, siendo terminada por García de Quiñones, por lo que es fácil ver la barroquización que sufrió su estilo, frente al gusto herreriano de Gómez de Mora. Este hecho se ve claramente en la fachada, de gran altura y tres cuerpos, siendo el primero mucho más austero y el último barroco. El mayor barroquismo, pues, se encuentra en las torres de la fachada y en el claustro. 

En el interior de la iglesia, que tiene una única nave, se puede contemplar un retablo barroco de José de Churriguera con columnas salomónicas. En el lienzo principal se representa la escena del Martirio de San Esteban, obra de Claudio Coello. 

El nombre de Clerecía proviene que, debido a ser expulsados los jesuitas en el siglo XVIII, pasó a ser propiedad de la Real Clerecía de San Marcos. En época medieval, los clérigos se agrupaban en torno a organizaciones gremiales -llamadas clerecías- cuya finalidad era la defensa de sus derechos bajo la protección directa del Rey. 

El claustro es una de las obras más acabadas del barroco español y fue realizada también por García de Quiñones. Está dividido en tres cuerpos claramente diferenciados. El primer piso está recorrido por arcos de medio punto, el segundo por balcones enrejados y el tercero hace las veces de ático, en el que sobresalen las ventanas que pretenden ser la continuación arquitectónica de las columnas de la fachada del claustro. En sus paredes cuelgan lienzos del siglo XVII.

Y, ya como detalle anecdótico, añadiremos que tradicionalmente la interpretación de la fachada ha sido la siguiente: la Virgen con la ayuda del Espíritu Santo y el apoyo material de los monarcas, representados por las figuras del rey Felipe y la reina Margarita, facilitan la expansión de la orden, representada en el primer cuerpo por su fundador, San Ignacio de Loyola.