Los orígenes de la hermandad están en la Cofradía de la Vera Cruz y se remontan a 1913. En ese año tuvo la cofradía el deseo de dar más realce a los desfiles procesionales y decidió dividir la procesión del Santo Entierro de modo que el Jueves Santo saliesen los pasos correspondientes a los momentos de la Pasión de ese día. También pensó en la posibilidad de incorporar algún paso más que destacase por su devoción o mérito escultórico, centrando al instante sus miras en la imagen de la Flagelación, venerada en la sacristía de la Clerecía y propiedad de la Comunidad de Reverendos Párrocos de la Real Capilla de San Marcos. Al darse la circunstancia de que el presidente de la Vera Cruz, Gaspar Jiménez Repila, era también abad de la referida comunidad, fue fácil la cesión de la impresionante talla de Carmona. 

Pero las dificultades surgieron en el orden económico y humano al no poder costear la cofradía las túnicas y no contar con personal suficiente para cargarlo. Entonces surgió la figura de Mariano Rodríguez Galván, hermano diputado de la Vera Cruz y con influencias en el comercio salmantino, por lo que consiguió que un grupo de sus dependientes se hiciese cargo de sacar el paso de la Flagelación. Los doce hábitos que hacían falta fueron costeados por él, costando éstos de túnica y capirote de terciopelo morado y cíngulo amarillo. 

Y así gracias a Mariano Rodríguez Galván pudo crearse dentro de la Vera Cruz la sección de la Flagelación, que procesionó por primera vez con su imagen titular el Jueves Santo 20 de Marzo de 1913. Sin embargo, la experiencia de la división del Santo Entierro no dio los resultados apetecidos y en 1915 se volvió a la anterior unidad, continuando a desfilar la imagen del Flagelado el Viernes Santo. Cuando en 1918 decidió la Vera Cruz volver a sacar el antiguo Nazareno, también fueron los dependientes de comercio los encargados de llevarlo. 

Con el tiempo el ánimo de los dependientes de comercio fue decayendo y quedaron muy pocos. Para solucionar esta carencia de personal comenzaron a colaborar con la Vera Cruz, sacando estos dos pasos, un grupo de los llamados “Javieres” (Congregación Mariana de San Francisco Javier). En principio lo hicieron como voluntarios, pues la cofradía venía solicitándolos por la prensa desde1941, pero con el tiempo alguno se inscribió como hermano por su devoción a Jesús Flagelado.

REFUNDACIÓN

A pesar de todo, la sección de la Flagelación seguía bastante abandonada. Por ello, a principios de 1948, la recién fundada Hermandad Universitaria solicitó ser quien acompañase el Viernes Santo a la imagen, o incluso incorporarla a su desfile del martes. La petición fue atendida en Junta Permanente, pero al tener los derechos de cesión sobre la imagen, la cofradía de la Cruz en junio dio la negativa por respuesta. 

Este incidente dio origen a que la Congregación de San Francisco Javier asumiese, al igual que pocos meses antes lo hizo la de San Luis de Gonzaga con la Hermandad Universitaria, la responsabilidad de fundar una cofradía diferente para sacar la imagen de Jesús Flagelado. En un principiose admitió cierto carácter de filiación respecto a la Vera Cruz, pues tal como consta en la primera solicitud formal que se hace para poder desfilar, con fecha de 7 de Abril de 1948, se desea cooperar con el esplendor de la Semana Santa Salmantina incorporando a sus procesiones la imagen de la Flagelación que se venera en la Clerecía, y que sin perjuicio de dejar de acompañarla en el Santo Entierro, puede hacer procesión en los primeros día de Semana Santa, aceptando desde un principio que tal cofradía sea filial de la Vera Cruz. 

El peso de las gestiones de fundación los llevó a cabo el P. Antonio Vilariño, S.I., Director de las Congregaciones y Superior de la Clerecía y pronto consiguió la aprobación de los estatutos. A él se unió un grupo de personas integrado por 44 empleados mercantiles y obreros, en buena parte miembros de la Congregación y alguno de ellos procedentes de la sección que venía sacando a Nuestro Padre Jesús Flagelado en la procesión del Viernes Santo. 

Cuando se constituyó la primera Junta Directiva la presidió el P. Vilariño; como hermano mayor Vitorino Martín, segundo hermano mayor Arsenio Vicente, secretario Silvestre Ledesma, tesorero Andrés Simón, hermano custodio Manuel Portela, maestro de ceremonia Matías Mata; y Ángel Gallo y Antonio Cuesta como vocales. 

Desde el principio se pretendió sacar la imagen en un día diferente al Viernes Santo, con el objetivo de que la Hermandad tuviese su propio desfile. Esta procesión se proyectó realizar el Lunes Santo bajo el amparo del Santo Rosario, para lo cual la hermandad sacaría la Oración del Huerto, de la Vera Cruz, con el Flagelado y en la calle del Consuelo se uniría a la Hermandad de Penitencia de Nuestro Padre Jesús de la Promesa representada con tres pasos, coronación de espinas, la cruz a cuestas,y la crucifixión. Así se completarían los cinco misterios del Santo Rosario. Parados todos los pasos en un lugar determinado se procedería al rezo de esta oración junto con el pueblo. 

El proyecto no pudo culminarse, pues si bien salieron las dos cofradías el paso del Flagelado no pudo hacerlo siendo sustituido por el de Los Azotes. En este desfile del Lunes Santo del 49 la Hermandad de Nuestro Padre Jesús Flagelado, estrenando hábito, procesionaba como tal por primera vez. Cuatro días después, el 15 de abril, los 185 hermanos que integraban la cofradía acompañaron a su imagen titular en el Santo Entierro. La imagen salió en las mismas andas de siempre, propiedad de la Vera Cruz,y portada por seis personas. Por el cortejo que la acompañaba realizó el transito por el Claustro de la Universidad y la estación de penitencia en la Catedral.

Fallido el intento de procesionar el lunes, la hermandad siguió haciéndolo en el Santo Entierro acompañando también el paso del Nazareno, por lo que prácticamente realizaba las mismas funciones que años anteriores en la sección de la Flagelación de la Vera Cruz. 

La hermandad pronto alcanzó la madurez y prescindió del carácter de filiación frente a la Santa Cruz, dejando también de utilizar sus andas al estrenar en el 52 una carroza fabricada el año antes en los Talleres Merchán; en ella se colocaron los cuatro angelitos llorones, también de Carmona, que portando los atributos de la pasión, rodean en la hornacina a Jesús Flagelado. Así esta cofradía pasó a ser una más del Santo Entierro como las congregaciones del Rescatado y el Nazareno, con las que salió en solitario cuando en el 56 y el 57 la Vera Cruz organizó su desfile en Sábado Santo. Por estos años la hermandad se encontraba en inmejorables momentos, llegando a tener banda de música propia en la que sus integrantes vestían el hábito reglamentario de la cofradía, e incluso participaban en otros desfiles procesionales. Aunque la hermandad no se vio tan afectada por la crisis en la reducción del número de miembros, no pudo seguir sosteniendo la banda. Hubo de acudir a otra que hasta el 79 fue la de Matacán. 

Ante la mala situación que estaba atravesando la Cofradía del Cristo de las Batallas, Nuestro Padre Jesús del Consuelo y Nuestra Señora del Gran Dolor (llamados ex – combatientes), en el 67 la hermandad dejó desalir el Viernes Santo y pasó a hacerlo el miércoles, acompañando a la cofradía mencionada. 

Debido a la crisis de la Cofradía esta no pudo salir y en 1970 salió la Hermandad de Jesús Flagelado por primera vez en solitario. Un año más tarde pudo volver a salir pero sólo con uno de los pasos el del Cristo de las Batallas a modo de Cruz de Guía,de modo que en 1972 extinguida la cofradía de los ex – combatientes, ya desfiló definitivamente en solitario la Hermandad de Jesús Flagelado. 

La tradición familiar ha sido siempre un hecho importante en la historia de la hermandad, haciendo posible que en los denominados años de crisis no peligrase el desfile por nunca faltar la centena de hermanos de luz. 

Hasta el 79 se utilizó la Clerecía para la celebración de todos los cultos, pero a partir de ese año se cerró el templo por obras de restauración. Los cuatro años posteriores se siguió haciendo en la sacristía del edificio. Cuando no se pudo continuar allí hubo que buscar otras alternativas, los cinco años siguientes se situaron en San Benito, en el 89 los cultos se realizaron en San Sebastián. Ese mismo año finalizaron las obras de restauración y desde entonces se vuelven a celebrar en la Clerecía con toda normalidad. 

Al pasar a depender esta iglesia de la Universidad Pontificia, es el Rector el presidente de la Hermandad y el encargado de nombrar su consiliario. 

El progreso de la hermandad fue notable en la década de los 80, siendo considerado su desfile uno de los mejores de Salamanca. En el 86 quisieron integrar el desfile los Amigos de la Capa. Al año siguiente se editó una memoria – resumen de la hermandad, incluyendo los estatutos aprobados en el año 63.

La inclusión de la mujer y los hermanos de carga son dos de los hechos más importantes que han tenido lugar en esa década. 

Los hermanos de paso no estaban integrados hasta el 15 de abril del 84. Estas personas venían siendo contratadas por la hermandad y en los últimos años solían ser siempre los mismos, buena parte de ellos trabajadores de Mirat, su devoción llegó a ser tal que muchos de ellos dejaban la paga como donativo para el Cristo. Por iniciativa propia solicitaron su inclusión en la hermandad y se les concedió en la fecha ya mencionada, facilitándoles el hábito hasta que pudieran pagarlo. 

Tradición, o más bien norma estatutaria que también se ha mantenido es la prohibición de todo tipo de penitencia externa. El recogimiento interno y la oración sigue siendo el signo de distinción que queda plasmado en el rezo del Santo Rosario. 

Al incrementar el número de hermanos y con el ingreso de la mujer en la hermandad, cada vez se hacía más factible completar el desfile con un nuevo paso que se concretó en la imagen de una virgen. Al no se posible la cesión de ninguna de las salmantinas ya existentes hubo que buscarla fuera, y por mediación de Julián Alcántaraen el año 91 se llegó a una acuerdo de compra con el imaginero andaluz J. Miguel Sánchez, que conservaba una imagen de una cofradía gaditana realizada por encargo años atrás con la que llegó a procesionar en una ocasión pero por diversas circunstancias al final no se quedó con ella.

En Junta General se acordó venerar la imagen bajo el título de Nuestra Señora de las Lágrimas, opción que triunfó frente al título de Señora del Consuelo. Admitida su denominación también se acordó añadirla a la titularidad de la hermandad. Para el mantenimiento de la imagen se decidió nombrar cuatro camareras, siendo las primeras Pilar García, Hortensia Hernández, Teresa González y Mª Teresa Alonso. La imagen se presentó a los hermanos el 12 de Enero de 1992, desfilando por primera vez el Miércoles Santo de ese mismo año.